Laboratorium Plankton BP2KSI melakukan kegiatan pengamatan plankton yang sampelnya berasal dari perairan umum daratan dan laut. sampel yang diteliti berasal dari kegiatan penelitian intern BP2KSI dan sampel yang berasal dari luar (contoh sampel yang berasal dari instansi maupun pihak swasta lainnya).
Upaya peningkatan Sumber Daya Manusia (SDM) terus dilakukan untuk menunjang kegiatan pengamatan dan identifikasi, baik pengamatan plankton maupunlarva dengan harapan kedepannya hasil pengamatan dan data yang dikeluarkan mengacu pada standar yang ditetapkan. Adapun sarana peralatan yang digunakan untuk pengamatan plankton dan larva diantaranya: Mikroskop Binokuler CX 31 dan Mikroskop Inverted CKX 41 (untuk pengamatan plankton), Mikroskop Stereozoom SZX7 (untuk pengamatan larva). Beberapa buku identifikasi yang digunakan diantaranya: Yamanji, Mizuno 1947, Whipple, Syachlan.