Laboratorium Kimia BP2KSI melakukan kegiatan pengamatan parameter kualitas air meliputi oksigen terlarut, Total Dissolved solid (TDS), Total Suspended Solid (TSS), nitrat, nitrit, ammonium, orthofosfat, sulfat, zat organik total, klorofil-a, salinitas, konduktivitas, pH.
Laboratorium dilengkapi dengan instrument Spektrofotometer, Oven, Inkubator, Eksikator, Neraca Analitik, Fortex, Sentrifuge, Stirer, Hot Plate, Aquadestilator. Untuk keperluan survey lapangan, laboratorium kimia dilengkapi dengan Water Quality Checker yaitu Horiba dan YSI, Deep Meter, serta Refraktometer.
Dalam rangka peningkatan kualitas mutu hasil penelitian, Balai Penelitian Pemulihan dan Konservasi Sumberdaya Ikan (BP2KSI) berkomitmen untuk mangajukan akreditasi laboratorium Kimia Air untuk parameter Nitrit dan Fosfat. Proses assesmen laboratorium pengujian oleh pihak KAN dilaksanakan pada bulan Oktober 2015 dan pihak KAN menyatakan bahwa Lab. BP2KSI telah menjalankan manajemen SNI ISO/IEC 17025:2008 sebagai Laboratorium Penguji dengan nomor Akreditasi LP-883-IDN.