Laboratorium Biologi merupakan salah satu sarana penunjang kegiatan penelitian dalam identifikasi taksonomi ikan, pengamatan makanan dan reproduksi ikan serta identifikasi benthos. Sumber daya manusia yang ada berjumlah 9 orang, diantaranya yaitu sebanyak 4 orang yang menguasai pengamatan makanan ikan, 2 orang yang menguasai pengamatan Fekunditas ikan (Reproduksi) dan 3 orang yang menguasai pengamatan benthos. Selain sebagai penunjang kegiatan penelitian BP2KSI, laboratorium biologi juga dapat dijadikan sebagai sarana penelitian mahasiswa maupun studi banding berbagai lembaga pendidikan.
Laboratorium biologi dilengkapi dengan mikroskop Binokuler CX 21 (micro identification), mikroskop stereozoom SZ61 (macro identification), magnifier flourescent work light (identifikasi benthos), micrometer okuler dan objektif, buku-buku identifikasi, lemari sampel yang diawetkan dan peralatan survey perairan umum darat dan laut.